1)    Seleksi formasi

Dalam tahapan seleksi formasi, kualifikasi pendidikan dan jabatan pemohon menjadi bahan pertimbangan utama. Jika formasi pada tahun berjalan membutuhkan kualifikasi pendidikan dan jabatan sebagaimana dimiliki pemohon maka pemohon dapat diproses untuk mengikuti seleksi tahap selanjutnya. Apabila berdasarkan formasi pada tahun berjalan tidak dibutuhkan  kualifikasi sebagaimana dimiliki pemohon, maka proses pengajuan mutasi antar daerah langsung ditolak.

2)    Seleksi kompetensi

Pemohon yang lolos dari seleksi formasi kemudian harus mengikuti seleksi kompetensi, yaitu melalui proses ujian tulis, interview dan tes komputer.

3)    Seleksi kinerja/sikap/perilaku

Seleksi kinerja/sikap/perilaku dilakukan berdasarkan hasil keterangan pejabat berwenang di lingkungan instansi asal mengenai track record pemohon, informasi dari sumber-sumber/dokumen lain meliputi:

a)    belum pernah menjalani sanksi/hukuman disiplin/pidana;

b)    tidak sedang menjalani sanksi/hukuman disiplin/pidana, tidak sedang dalam proses pemeriksaan; serta

c)    keterangan memiliki kinerja yang baik;

d)    daftar Penilaian Pelaksanaan Pekerjaan (DP-3) tahun terakhir;

e)    hasil interview.

4)    Seleksi aspek kesehatan dan kajian teknis lainnya

Aspek kesehatan dilihat dari surat keterangan dokter pemerintah yang menyatakan tentang kesehatan pemohon mutasi antar daerah. Surat kesehatan dimaksud meliputi surat kesehatan jasmani dan surat kesehatan jiwa dari dokter pemerintah.

Proses kajian teknis lainnya merupakan proses mengkaji hal-hal yang dapat dijadikan pertimbangan untuk memproses mutasi antar daerah pemohon. Hal-hal tersebut antara lain:

a)    alasan mengajukan mutasi;

b)    jarak lokasi tempat kerja dengan rumah tinggal;

c)    aktivitas sosial;

d)    kondisi fisik/mental;

e)    kondisi keluarga;

f)     kondisi perekonomian;

g)    sedang mengikuti proses pembelajaran;

h)    pertimbangan lain yang disampaikan oleh pemohon.